医療法人と個人事業主の違いとは？医療法人化するメリットを紹介！

2025年4月17日

医療法人と個人事業主の違いとは？医療法人化するメリットを紹介！

「医療法人と個人事業主の違いとは？」
「医療法人化すると後悔する？」

と疑問をお持ちの方がいるかもしれません。

医療法人と個人事業主では、運営方針や税金、社会保険、登記などに違いがあります。

医療法人化を検討している開業医の方は、両者の違いについて理解することが大切です。

今回の記事では、医療法人と個人事業主に関する基礎知識をはじめ、医療法人と個人事業主の違い、医療法人化するメリットとデメリットなどについて解説します。

医療法人と個人事業主に関する基礎知識

まずは、医療法人と個人事業主に関する基礎知識を確認しておきましょう。

医療法人とは

医療法人とは「病院、医師もしくは歯科医師が常時勤務する診療所又は介護老人保健施設を開設することを目的として、医療法の規定に基づき設立される法人」のことです（厚生労働省の資料を引用）。

医療法人は国民の健康維持に寄与する役割が求められ、設立時には定款（もしくは寄附行為）を作成し、都道府県知事の認可を得る必要があります。

株式会社などの営利法人とは異なり、医療法人には「非営利性」が求められる点が特徴と言えるでしょう。

参照：厚生労働省「医療法人の基礎知識」

個人事業主とは

個人事業主とは、法人を設立せずに個人で事業を営んでいる事業者のことです。

フリーランスと混同されることが多いですが、個人事業主は「税法上の区分」であるのに対し、フリーランスは「働き方」を指します。

個人事業主になるためには、事業開始後1ヶ月以内に税務署に開業届を提出する必要があります。

詳細は国税庁のホームページを参考にしてください。

参照：国税庁「A1-5　個人事業の開業届出・廃業届出等手続」

医療法人と個人事業主の違い

ここでは、医療法人と個人事業主の違いを確認していきましょう。

	医療法人	個人事業主
運営方針	国民の健康維持に寄与することで非営利性が求められる	利益の追求が可能
税金	・法人税・地方法人税・法人住民税・法人事業税・固定資産税	・所得税・住民税・個人事業税・固定資産税
役員報酬	自由に設定できる	なし
施設数	分院が可能	1箇所のみ
業務範囲	・診療所と病院・介護老人保健施設・看護師学校・医学研究所・精神障害者社会復帰施設など	・診療所と病院
社会保険	加入必須	従業員5人以上で加入必須
登記	必要	不要

運営方針

医療法人の目的は国民の健康維持に寄与することで、非営利性が求められます。

そのため、収益事業を行ったり、余剰金を配当したりすることは認められていません。

一方で、個人事業主は営利目的での活動が認められています。

事業を通して得た所得は自由に使うことが可能です。

税金

医療法人と個人事業主では、納める税金の種類が大きく変わります。

医療法人が納める主な税金は以下の通りです。

法人税
地方法人税
法人住民税
法人事業税
固定資産税

一方、個人事業主が納める主な税金として、以下が挙げられます。

所得税
住民税
個人事業税
固定資産税

なお、医療法人や個人によって納める税金が変わる可能性があるため、税理士などの専門家に相談することをおすすめします。

関連記事：医療法人に特化したおすすめ税理士・事務所とは？選ぶ際のポイントを紹介

役員報酬

役員報酬とは、医療法人の役員に対して法人から支払われる報酬のことです。

個人事業主の場合は役員報酬はありませんが、医療法人の場合は役員報酬を自由に設定できます。

ちなみに医療法人の役員は、3名以上の社員、3名以上の理事（理事長含む）、1名以上の監事で構成されています。

医療法人における役員については、以下の記事を参考にしてください。

関連記事：医療法人における役員（理事・理事長・監事）の概要と仕組み

施設数・業務範囲

個人事業主の場合、施設数は1箇所のみで、業務範囲は診療所・病院に限られます。

一方、医療法人は分院することが可能です。

以下のように業務範囲も多岐に渡ります。

診療所・病院
介護老人保健施設
看護師学校
医学研究所
精神障害者社会復帰施設など

上記からわかるように、事業を拡大していくためには医療法人化は避けられません。

医療法人化のメリットとデメリットについては、以下の記事で解説しています。

関連記事：医療法人化のメリットやデメリットについて解説！リスク対策は保険で対応

社会保険

個人事業主と医療法人では、社会保険の加入が必須かが異なります。

個人事業主は社会保険の加入は必須ではありません。

ただし、従業員が5人以上の場合は、社会保険への加入が必須です。

医療法人の場合、従業員数に関わらず、医療法人への加入が必要になります。

医療法人は「医師国民健康保険組合」や「協会けんぽ」などの加入対象です。

医療法人における社会保険に関しては、以下の記事でご確認ください。

関連記事：医療法人は社会保険を設置すべき？医師国保との違いなど解説

登記

登記とは、重要な権利や義務を社会に向けて公示することです。

個人事業主は登記を行う必要がありません。

しかし、個人クリニックを開業するためには、保健所に「開設届」、厚生局に「保険医療機関指定申請」など、各種書類の提出が求められます。

医療法人は登記を実施しなくてはいけません。

医療法人の所在地を管轄する法務局に対して提出する書類を準備しましょう。

登記事項は以下の通りです。

目的及び業務
名称
事務所の所在地
代表権を有する者の氏名、住所及び資格
存続期間又は解散の事由を定めたときは、その期間又は事由
別表の登記事項欄に掲げる事項（医療法人においては「資産の総額」）

個人事業主が医療法人化するメリット

それでは、個人事業主は医療法人化するべきなのでしょうか？

以下でメリットを確認していきましょう。

分院展開がしやすい

個人事業主が医療法人化する1つ目のメリットとして、分院展開がしやすい点が挙げられるでしょう。

個人事業主が開設できる施設数は1箇所のみです。

一方、医療法人の場合は、管理者を複数立てることで分院展開をスムーズに行えます。

さらに病院・診療所以外にも、介護老人保健施設や看護師学校などの施設も開設可能です。

事業承継がしやすい

個人事業主が医療法人化する2つ目のメリットは、事業承継がしやすい点です。

個人事業主の場合は事業継承の際に相続税がかかりますが、医療法人（持分なし医療法人の場合）は相続税が発生しません。

理事長を変更することで、事業継承を実現できます。

持分なし医療法人とは、定款に持分の定めのない医療法人のことで、持分あり医療法人と区別されます。

ちなみに、医療法の改正により、平成19年4月1日から持分あり医療法人の新規設立が認められていません。

社会的信用が向上する

個人事業主が医療法人化する3つ目のメリットは、社会的信用が向上する点です。

医療法人と比較すると、個人事業主は社会的信用が低いです。

そのため、ローンや借入の審査にも影響が出る可能性があります。

一方、医療法人に対する社会的信用は高いです。

融資を受けやすくなるだけでなく、患者さんにも安心して利用してもらえるようになります。

税金対策ができる

個人事業主が医療法人化する4つ目のメリットは、税金対策ができる点です。

個人事業主が支払う所得税は累進課税が適用されますが、医療法人に課せられる法人税には比例税率が適用されます。

税区分	医療法人	個人事業主
法人税／所得税	課税所得が800万円以下：15％課税所得が800万円超：23.2％	課税所得額により変動（累進課税、5～45％）

医療法人における法人税の税率については、以下の記事を参考にしてください。

関連記事：医療法人の法人税の税率は？普通法人との違いなどについて詳しく解説